マンションで男が殺害された。事件に関して主婦から情報が寄せられるが長話を嫌う捜査一課から捜査を任せられてしまう右京（水谷豊）。さっそく尊（及川光博）とその主婦から話を聞くと、主婦は事件直前に緑（草笛光子）という老女に被害者男性の自宅住所を教えていたという。右京は尊に緑をマークさせるが捜査に不慣れのためあっさり見つかってしまう。おまけに緑の自宅に招き入れられてしまい…。一方、右京は半年前のある事故の情報をつかむ。ガーデニング好きで「ミス・グリーン」と親しまれていた緑。その穏やかな微笑みの裏に何かが隠されているのか！？

テレビ局社員の絵美が無人のスタジオで転落死した。別件で来ていた右京（水谷豊）と尊（及川光博）は、総務部の絵美が無人のスタジオにいたことに疑問を抱く。転落死した隣のスタジオで聞き込みを始め、そこで収録中のバラエティ番組に出演していた教授・好田（近藤芳正）を紹介される。大学では目の錯覚を専門にしている好田だが、局に到着したのは絵美が転落死した後。渋滞に巻き込まれて到着が遅れたという完璧アリバイがある。右京と好田の静かなる頭脳戦が始まる！

米沢（六角精児）が見ていた鉄道マニア向けDVDに5年前に自殺した国土建設省の官僚・三島に似た男が映っていた。撮影日は三島の遺体が都内で発見される前日。しかもDVDに映っていたのは東京から60キロも離れた間宮村の駅。疑問を感じた右京（水谷豊）は尊（及川光博）とともに国土建設省へ。三島の同僚・片倉（中村繁之）に三島が発見前日に間宮村に行ってないか確認するが…。
三島はなぜ、間宮村に行ったのか？ なぜ翌日に死体となって発見されたのか？
真相を求めて右京と尊は間宮駅へと向かう！

郵便局で強盗事件が発生。防犯ビデオに映る犯人の華麗な動きや緊急配備の検問を鮮やかにくぐり抜けたことなどから、近くにある基地関係者による犯行説が浮上する。尊（及川光博）は「プロの犯罪者による犯行」というが、右京（水谷豊）は防犯ビデオから犯人がプロにあるまじきミスを犯していることを指摘。一方で軍事訓練を受けたような身のこなしに着目し、現場近くにあるサバイバルゲームのサークルからメンバーの名簿を手に入れる。その中から右京が目をつけたのは、なんと…!?

年金事務所の係長・藤石がホテルの一室から転落死した。警視庁の上層部は自殺と断定するが、遺体に不審な点を発見した右京（水谷豊）は捜査を開始。翌日、年金事務所の職員に「人殺し！」と詰め寄っていた藤石の婚約者・亜由美（久遠さやか）によると、藤石は亡くなる直前まで亜由美と一緒におり、不正を告発する、会社も辞めると言っていたらしい。右京と尊（及川光博）は、藤石の上司の証言で、この事務所でも５年前まで不正が行われていたことを知る。藤石はその不正を告発しようとして何者かに殺害されたのか？ 右京と尊が年金不正の闇に挑む!! 

右京（水谷豊）と尊（及川光博）は駐車場に止まっている不審な路線バスを発見する。調べると、運転手もいなければ、乗客もいない。一体何が起きたのか？ やがて運転手、乗客の命と引き換えに1億円を要求する脅迫状がバス会社に届く。難を逃れた乗客の一人、恵（中川安奈）によると、犯人は客を装っていた上条（平野貴大）という男で、運転手の中島（松田洋治）と乗客をどこかへ連れ去ったという。単なるバスジャックにしては不自然な点も多い。右京と尊が不可思議な誘拐事件からあぶり出した驚愕の真実とは？

刑務所を仮出所した山部という男が出所翌日に失踪。山部は数年前に覚せい剤を所持し、一緒にいた村上と逮捕され刑期満了間近だった。模範囚だった山部は身寄りもなかったが、なぜか共犯だった村上の同棲相手・美代子（井上和香）という女性がたびたび山部に面会に来ていた。右京（水谷豊）と尊（及川光博）は美代子に山部に面会した理由を聞くが、歯切れが悪い。美代子は何かを隠していると直感した右京。やがて山部の行方が明らかになり…。２人の男と一人の女。失踪がもたらした意外な真相とは？

とある家から発見された古い盗聴器。その家は16年前の少女失踪事件の被害者宅であった。少女は今も見つかっていない。右京（水谷豊）と尊（及川光博）は事件を再び洗い直すことに。当時14歳の遥は友人と会うため、自宅を出たまま忽然と姿を消した。盗聴器の発見により、その犯人が事前に彼女の行動を探っていたのではないか？
右京と尊は当時遥と同居していた叔母・涼子（黒田福美）に話を聞くのだが、16年前の事件に触れたくない様子。16年前に一体何があったのか？ さらに同じ手口の事件が再び起こる！

盲腸で入院したたまき（益戸育江）を見舞った右京（水谷豊）と尊（及川光博）は、同じ病室に入院していた６歳の七海（石井萌々果）と知り合う。不審な男に追いかけられ逃げる途中ケガをしたらしい。七海はその不審な男を代議士の江嶋（田中哲司）だというのだが…。右京らが早速その現場に行ってみると近くでジャーナリストの安田（竹本孝之）の事務所の捜索が行われていた。安田が遺体となって発見されたためだ。しかも安田は江嶋の盟友であることが判明する。少女が追いかけられた事件と安田の死に、何か関係があるのか！？ 右京と尊が政治家の野望に潜む闇に挑む！ 

捜査一課の伊丹刑事（川原和久）が店でラーメンを食べていると突然隣の客がもがき倒れた！毒物が仕込まれていたと分るが、右京（水谷豊）の推理によれば、どうやら狙われたのは伊丹のようだ。右京は尊（及川光博）とともに伊丹を警護することに。伊丹は10年前のある殺人事件が原因ではないかと思い出す。当時、強引な取り調べをした伊丹は容疑者たちに恨まれている可能性もある。
捜査一課イチ熱い伊丹が右京らの警護も振り切り勝手に動き出すが…。10年の時を経て目の当たりにした真実とは？

大学の農学部の倉庫が大爆発し、心理学科の曽田准教授が爆死した。偶然大学を訪れていた右京（水谷豊）と尊（及川光博）は現場を目の当たりにし、捜査を開始する。原因はLPガスのボンベからガスが漏れて充満。そこにタバコを吸おうと入ってきた曽田がライターに火をつけたらしい。なぜ心理学科の准教授が農学部の倉庫にいたのか？曽田の上司・鶴見教授は教授の座を曽田か、もう一人の准教授・槙子（鳥居かほり）に譲るか迷っていたという。さらにガスボンベのバルブが何者かによって緩められていた可能性も出てきた。曽田と教授の座を狙い争う槙子が事故に見せかけて殺害したのか!? が、曽田のデスクから高性能のカメラが発見され、そこには意外な二人と思いがけない瞬間が写っていた！右京と尊が深層心理にかかわる事実を明らかにする！

9年前に発生した現金輸送車襲撃事件の遺留品を名和田家に返しに行った右京（水谷豊）。当時、名和田は輸送車の運転手。彼の証言で似顔絵も作成したが、事件は未解決のまま。帰り際に隣家の庭に右京がふと目をやると窓ガラスが割れている。隣人と思われる男に注意すると部屋の模様替えをしていたら家具が当たったのだという。その言葉に不審を抱いた右京は尊（及川光博）と連絡を取りつつ、名和田の家で隣家を観察することに。さらに右京が隣人を訪れるたびに別の人物が応対し…。一体、隣家で何が起きているのか？　些細な異変から焙り出される意外な事実とは!?

山中で初老の男性の他殺体が発見された。捜査は難航するかと思われたが、意外にも捜索願が出されていたことから被害者は西島と判明。右京（水谷豊）が風邪をひいていることを知った伊丹ら捜査一課は、捜査を邪魔されなくていい、と嬉々として聞き込みをする。西島と同じアパートに住むジュン（東風万智子）が怪しい。伊丹の直感で再度の事情聴取に行くと、ジュンは意外にもあっさりと犯行を自供する。共犯の戸倉（滝直希）も逮捕、鼻高々の伊丹だったが、右京と尊（及川光博）はなぜか２人で微笑み合う。実は事件解決の裏には伊丹らが知る由もない顛末があった。自供の裏で起こっていたもう一つの事件とは！？